Вот почему люди считают обыск унизительным:
1) Им не нравится, что кто-то органичивает их "свободу" пронести мобильник или связку тяжелых ключей в определенное место. По большому счету - это ограничение личного комфорта.
2) Им не нравится, когда кто-то прикасается к ним, без разрешения.
3) У них создается ощущение оскорбленной добродетели - типа, как это, я такой хороший, а меня тут обыскивают.

Итого мы имеем.
1) Весьма условное унижение, на мой взгляд не сопоставимое с тем, что приходится испытывать в час пик в общественном транспорте.
2) Пожалуй наиболее скользкий момент, который мне тоже не нравится. Но формализованность процедуры, ее редкость (в обсновном практикуются металлодетекторы) и главное - реальная порой необходимость этот момент для меня лично смягчают.
3) Если ты ни в чем не виноват, то ты не виноват. Обыск только подтвердит это и ваша добродетель засияет пуще прежнего.

А вообще, очевидно, что споры идут от того, что каждый под словом "свобода" понимает что-то свое или ничего, кроме патетических фраз, не понимает. Но это тема отдельная.